مهمترین مساله اى که دانشمندان بزرگ را در داستان موسى(علیه السلام) و خضر(علیه السلام) به خود مشغول ساخته، ماجراهاى سه گانه اى است که این مرد عالم در برابر موسى(علیه السلام) انجام داد، موسى(علیه السلام) چون از باطن امر، آگاه نبود، زبان به اعتراض گشود، ولى بعداً که توضیحات استاد را شنید قانع شد.
در هنگام مطالعه این داستان ممکن است این سوالات پیش بیاید که: آیا واقعاً مى توان اموال کسى را بدون اجازه او معیوب کرد، به خاطر آن که غاصبى آن را تصاحب نکند؟
و آیا مى توان نوجوانى را به خاطر کارى که در آینده انجام مى دهد مجازات کرد؟!
و آیا لزومى دارد براى حفظ مال کسى مجاناً زحمت کشید و بیگارى کرد؟!
در هنگام مطالعه این داستان ممکن است این سوالات پیش بیاید که: آیا واقعاً مى توان اموال کسى را بدون اجازه او معیوب کرد، به خاطر آن که غاصبى آن را تصاحب نکند؟
و آیا مى توان نوجوانى را به خاطر کارى که در آینده انجام مى دهد مجازات کرد؟!
و آیا لزومى دارد براى حفظ مال کسى مجاناً زحمت کشید و بیگارى کرد؟!