مرحوم آيه الله محمد حسن نجفي مشهور به صاحب جواهر در روزهاي آخر زندگيش دستور داد مجلسي تشکيل شود و همه علماي طراز اول نجف اشرف در آن شرکت کنند. مجلس مزبور در محضر صاحب جواهر تشکيل گرديد.
ولي شيخ انصاري در آن حضور نداشت.
صاحب جواهر فرمود: شيخ مرتضي انصاري را نيز حاضر کنيد.
پس از جستجوي زياد ديدند شيخ در گوشه اي از حرم اميرالمؤمنين عليه السلام رو به قبله ايستاده و براي شفاي صاحب جواهر دعا مي کند و از پروردگار مي خواهد تا او از اين مرض عافيت يابد.
بعد از اتمام دعا شيخ را به مجلس بردند.
صاحب جواهر شيخ را بر بالين خود نشاند, دستش را گرفته و بر روي قلب خود نهاد و گفت: آلان طاب لي الموت ( اکنون مرگ براي من گواراست). سپس به حاضرين فرمود:
هذا مرجعکم من بعدي ( اين مرد مرجع شما پس از من است). بعد رو به شيخ انصاري نموده و گفتند: قلل من احتياطک فأن الشريعه سمحه سهله ( از احتياطات خود بکاه. پس همانا دين اسلام ديني سهل و آسان است)
آن مجلس پايان يافت و طولي نکشيد که صاحب جواهر به ديار قدس پر کشيد و نوبت شيخ انصاري رسيد که زعامت امت را بر عهده گيرد.
اما او با اينکه چهارصد مجتهد مسلم اعلميتش را تصديق کردند از صدور فتوي و قبول مرجعيت خودداري ورزيد و به سيد العلماء مازندراني که در ايران به سر مي برد و شيخ با او در کربلا همدرس بود نامه اي به اين مضمون نوشت: هنگامي که شما در کربلا بوديد و با هم از محضر درس شريف العلماء استفاده مي برديم استفاده و فهم شما از من بيشتر بود. اينک سزاوار است به نجف آمده و اين امر را عهده دار شويد.
سيدالعلماء در جواب نوشت: آري! ليکن شما در اين مدت در حوزه مشغول به تدريس و مباحثه بوده ايد ولي من در اينجا گرفتار امور مردم هستم. شما در اين مقام از من سزاوارتريد.
شيخ انصاري پس از دريافت پاسخ نامه اش به حرم مطهر مولا علي عليه السلام مشرف شده و از روح مطهر آن امام در اين امر خطير استمداد طلبيد.
يکي از خدام حرم مي گويد:
طبق معمول ساعتي قبل از طلوع فجر براي روشن کردن چراغها به حرم رفتم. ناگهان از طرف پايين پاي حضرت امير عليه السلام صداي گريه و ناله سوزناکي به گوشم رسيد, شگفت زده شدم خدايا! اين صدا از کيست؟
آخر اين وقت شب زائري به حرم نمي آيد. در همین فکرها بودم و آهسته آهسته جلو آمدم ببينم جريان از چه قرار است ناگهان ديدم شيخ انصاري صورتش را به ضريح مطهر گذاشته و همانند مادر جوان از دست داده مي گريد و با زبان دزفولي خطاب به مولا مي گويد: آقاي من! اي اباالحسن! يا اميرالمؤمنين! اين مسئوليتي که اينکه بر دوشم آمده بسيار خطير و مهم است. از تو مي خواهم مرا از لغزش و عدم عمل به تکليف مصون و محفوظ داري و در طوفانهاي حوادث ناگوار همواره راهنمايم باشي والا از زير بار اين مسؤليت فرار کرده و نخواهم پذيرفت.