حضرت موسى بن جعفر عليه السلام به شهادت تاريخ و حتى مخالفان، بخش مهمى از ساعات زندگى خويش را به عبادت و دعا و نيايش و مناجات گذراند و ارزشمندترين لحظات آن حضرت زمانى بود که با خداى خويش خلوت داشت. او با تمام وجود و احساس و عاطفه اش متوجه خداوند بود.
هرگاه در حال نماز يا مناجات در پيشگاه خداى بزرگ قرار مى گرفت، اشکش چون باران جارى بود و از خوف عظمت خداوند مضطرب بود:
«انه کان يصلى نوافل الليل ويصل ها بصلاة الصبح، ثم يعقب حتى تطلع الشمس، ويخر لله ساجدا فلا يرفع راسه من الدعاء والتمجيد حتى يقرب زوال الشمس؛
هميشه اين گونه بود که نوافل شب را مى خواند و آن را به نماز صبح وصل مى کرد. آن گاه تا طلوع آفتاب به تعقيبات نماز مى پرداخت. سپس به سجده مى افتاد و سر از سجده و دعا و تمجيد (الهى) تا نزديک زوال برنمى داشت.»
هرگاه داخل مسجدالحرام مى شد، به سجده مى افتاد و با اشک جارى و اخلاص و خشوع عرضه مى داشت: «عظم الذنب من عبدک، فليحسن العفو من عندک؛ گناه بندهات بزرگ شد، پس بخشودگى از نزد تو چه زيبا است.»
و در زيارت نامه آن حضرت چنين مى خوانيم:
«وصل على موسى بن جعفر وصى الابرار وامام الاخيار... الذى کان يحيى الليل بالسهر الى السحر بمواصلة الاستغفار حليف السجدة الطويلة والدموع الغزيرة والمناجاة الکثيرة والضراعات المتصلة؛
درود بر موسى بن جعفر عليه السلام وصى نيکان و پيشواى برگزيدگان... آن کسى که شب را تا سحر [زنده مى داشت و] به استغفار هميشگى و سجدهه اى طولانى و گريه هاى سرشار و مناجات بسيار و ناله هاى پى در پى بيدار بود.»
حتى مخالفان آن امام نيز بدين امر اعتراف نمودهاند؛ محمد بن طلحه شافعى درباره آن حضرت مى گويد:
«انه الامام جليل القدر عظيم الشان کثير التهجد المواظب على الطاعات المشهور بالکرامات مسهر اليل بالسجدة والقيام ومتم اليوم بالصيام والصدقة والخيرات المسمى بالکاظم لعفوه واحسانه بمن اسائه والمسمى بالعبد الصالح لکثرة عبوديته والمشهور بباب الحوائج اذ کل من يتوسل اليه اصاب حاجته. کراماته تحار منها العقول؛
به راستى او (موسى بن جعفر) پيشواى جليل القدر و بزرگ منزلت است. او شب زندهدار و مواظب بر طاعات (پروردگار) است. مشهور به کرامات مىباشد، شب تا صبح به سجده و نماز [و عبادت] مىپردازد و روز را به روزه و اعانت و خيرات [به ديگران] به پايان مىرساند.
کاظم (فرو برنده خشم) ناميده شده، به خاطر گذشت و احسانش به افرادى که به او بدى کرده اند. بنده صالح ناميده شده، به خاطر زيادى بندگى [و عبادت]. و به «باب الحوائج» مشهور مى باشد؛ زيرا هر کس به او متوسل شود به حاجتش مى رسد. کرامات او به قدرى فراوان است که عقلها از آنها در تحير مى ماند.»
مامون از پدرش هارون (که دشمن جان حضرت و قاتل او بود) چنين نقل نموده است:
«اذ دخل شيخ مسخد قد انهکته العبادة کانه شن قد کلم السجود وجهه وانفه؛
پير مردى وارد شد که صورتش از شب بيدارى زرد شده و ورم کرده بود و عبادت او را رنجور و لاغر نموده و همچون مشک خشکيده شده و زيادى سجده پيشانى و بينى او را مجروح نموده بود.»
هرگاه در حال نماز يا مناجات در پيشگاه خداى بزرگ قرار مى گرفت، اشکش چون باران جارى بود و از خوف عظمت خداوند مضطرب بود:
«انه کان يصلى نوافل الليل ويصل ها بصلاة الصبح، ثم يعقب حتى تطلع الشمس، ويخر لله ساجدا فلا يرفع راسه من الدعاء والتمجيد حتى يقرب زوال الشمس؛
هميشه اين گونه بود که نوافل شب را مى خواند و آن را به نماز صبح وصل مى کرد. آن گاه تا طلوع آفتاب به تعقيبات نماز مى پرداخت. سپس به سجده مى افتاد و سر از سجده و دعا و تمجيد (الهى) تا نزديک زوال برنمى داشت.»
هرگاه داخل مسجدالحرام مى شد، به سجده مى افتاد و با اشک جارى و اخلاص و خشوع عرضه مى داشت: «عظم الذنب من عبدک، فليحسن العفو من عندک؛ گناه بندهات بزرگ شد، پس بخشودگى از نزد تو چه زيبا است.»
و در زيارت نامه آن حضرت چنين مى خوانيم:
«وصل على موسى بن جعفر وصى الابرار وامام الاخيار... الذى کان يحيى الليل بالسهر الى السحر بمواصلة الاستغفار حليف السجدة الطويلة والدموع الغزيرة والمناجاة الکثيرة والضراعات المتصلة؛
درود بر موسى بن جعفر عليه السلام وصى نيکان و پيشواى برگزيدگان... آن کسى که شب را تا سحر [زنده مى داشت و] به استغفار هميشگى و سجدهه اى طولانى و گريه هاى سرشار و مناجات بسيار و ناله هاى پى در پى بيدار بود.»
حتى مخالفان آن امام نيز بدين امر اعتراف نمودهاند؛ محمد بن طلحه شافعى درباره آن حضرت مى گويد:
«انه الامام جليل القدر عظيم الشان کثير التهجد المواظب على الطاعات المشهور بالکرامات مسهر اليل بالسجدة والقيام ومتم اليوم بالصيام والصدقة والخيرات المسمى بالکاظم لعفوه واحسانه بمن اسائه والمسمى بالعبد الصالح لکثرة عبوديته والمشهور بباب الحوائج اذ کل من يتوسل اليه اصاب حاجته. کراماته تحار منها العقول؛
به راستى او (موسى بن جعفر) پيشواى جليل القدر و بزرگ منزلت است. او شب زندهدار و مواظب بر طاعات (پروردگار) است. مشهور به کرامات مىباشد، شب تا صبح به سجده و نماز [و عبادت] مىپردازد و روز را به روزه و اعانت و خيرات [به ديگران] به پايان مىرساند.
کاظم (فرو برنده خشم) ناميده شده، به خاطر گذشت و احسانش به افرادى که به او بدى کرده اند. بنده صالح ناميده شده، به خاطر زيادى بندگى [و عبادت]. و به «باب الحوائج» مشهور مى باشد؛ زيرا هر کس به او متوسل شود به حاجتش مى رسد. کرامات او به قدرى فراوان است که عقلها از آنها در تحير مى ماند.»
مامون از پدرش هارون (که دشمن جان حضرت و قاتل او بود) چنين نقل نموده است:
«اذ دخل شيخ مسخد قد انهکته العبادة کانه شن قد کلم السجود وجهه وانفه؛
پير مردى وارد شد که صورتش از شب بيدارى زرد شده و ورم کرده بود و عبادت او را رنجور و لاغر نموده و همچون مشک خشکيده شده و زيادى سجده پيشانى و بينى او را مجروح نموده بود.»