ارتباط استوار آیه الله العظمی بهجت با خداوند متعال، ذکرهای پی در پی، به جای آوردن نوافل، شب زنده داریهای کم نظیر ایشان بسیار عبرت انگیز است. یکی از عوامل مهم موفقیت انسان که می تواند برای دیگران الگو و راهنما قرار گیرد، تقید ایشان به اعمال عبادی و تعبد ایشان است. سالهای سال نماز جماعت ایشان از شورانگیزترین، با صفا ترین و روح نوازترین نمازهای جماعت ایران اسلامی بوده و هست. در این نماز عالمان وارسته و خداجوی، بسیاری از طلاب تقوا پیشه، بسیجیان رزمجو و دلداده خدا، و دیگر قشرهای مردم شرکت می کردند. این نماز چنان پر معنویت است که گاه به ویژه در شبهای جمعه صدای گریه آیت الله بهجت با نوحه و ناله غم انگیز نمازگزاران همراه می شود، و روحها به پرواز در می آید و چشمها به اشک می نشیند، و فضای دلها نورانی می گردد. چنین فضای معنوی و روح نوازی در این زمان در هیچ نماز جماعتی وجود ندارد. بی جهت نیست که بسیاری از اوقات در مسجدی که ایشان نماز جماعت اقامه می کنند جا برای نماز گزاران تنگ می گردد و عده کثیری حتی آنان که مشتاقانه و به امید کسب فیض از این نماز پر معنویت، از راه های دور آمده اند مجبور به ترک مسجد می شوند. این نماز همواره مورد توجه اولیای خدا بوده و هست، علامه طباطبائی(ره) در آن شرکت می جسته، و آیت الله بهاء الدینی(ره) نیز عنایت خاصی به نماز جماعت ایشان داشته اند. در این ارتباط آیت الله محمد حسن احمدی فقیه یزدی خاطره ای را نقل می کنند که ذکرش در اینجا مناسب است. وی می گوید: « شبهای ماه رمضان آیت الله بهاء الدینی زودتر از آیت الله بهجت نماز می خواندند، ایشان خواست یکی از نزدیکان را به جایی بفرستد، آن شخص گفت: اگر بروم از نماز شما محروم می شوم. آقای بهاء الدینی فرمودند: بر این کار را انجام بده و بعد از افطار برو پشت سر آقای بهجت نماز بخوان. » آقای مصباح نیز درباره سابقه نماز جماعت دل انگیز ایشان می گوید: « آیت الله بهجت در حدود چهل سال قبل برنامه ای داشتند که پیش از غروب قدم زنان به سوی صفائیه ( که آن وقتها در آنجا ساختمان احداث نشده بود و از نزدیکهای پل صفائیه دیگر زمین مزروعی بود )، می رفتند و مقدار زیادی از زمینهای مزروعی را می گذشتند و در آنجا می نشستند و بعد نماز مغرب و عشاء را در آن زمینها می خواندند و بعضی دوستان که علاقه مند بودند خدمت ایشان می رسیدند. یکی از آن دوستان نقل می کرد: آیت الله بهجت یک شب بعد از نماز فرمودند:« اگر سلاطین عالم می دانستند که انسان در حال عبادت چه لذتهایی می برد، هیچ گاه دنبال این مسائل مادی نمی رفتند...» وقتی که این منزلی را که اینک در آن اقامت دارند خریدند، چون نزدیکتر بود بیشتر دوستان در همین منزل برای نماز خدمتشان می رسیدند، بعد ایشان را به مسجد فاطمیه دعوت کردند و آنجا محل اجتماع کسانی بود که علاقه مند بودند از نماز ایشان استفاده کنند، و تاکنون همچنان قریب به چهل سال است که در مسجد فاطمیه در سه وقت نماز جماعت اقامه می کنند، و اخیراً درسشان را هم از منزل به همان مسجد منتقل کرده اند و دید و بازدیدهای اعیاد و ایام سوگواری نیز در همان مسجد انجام می گیرد. » آیت الله شیخ جواد کربلایی درباره نماز شب و گریه های نیمه شب ایشان می گوید: « جناب آیت الله بهجت در جدیت در نماز شب و گریه در نیمه های شب مخصوصاً شبهای جمعه کوشا بودند. یکی از علما و مشاهیر به من فرمودند که: شب جمعه در مدرسه سیّد(ره) در نجف اشرف در نیمه شب شنیدم که ایشان با صدای حزین و ناله و گریه در حالی که سر به سجده گذاشته بود مکرّرَاً به حق تعالی عرضه می داشت: « إلهی! من لی غیرک، أسأله کشف ضرّی والنّظر فی أمری: معبودا! من جز تو چه کسی را دارم که از او بخواهم رنجوری مرا بر طرف کرده و نظری به امورم نماید. دعای کمیل »