علامه طباطبایی را معمولا با شیخ نجم الدین كبری، عارف بزرگ قرن ششمی مقایسه می كنند. به شیخ نجم الدین كبری، میگفتند شیخِ ولی تراش، چون همهی شاگردانش از عرفای نامدار میشدند و معروف بود كه شیخ حتی از چوب خشك هم میتوانسته ولی خدا بتراشد. شاگردان علامه، تعدادشان خیلی بیشتر از این هاست. این فهرست، فقط شامل معروفترین چهرههای شاگردان آن بزرگ است.
شهید مرتضی مطهری (1358 ـ 1298)
علامه این شاگردش را خیلی دوست داشت. می گفت: وقتی مطهری به درسم می آید، از شوق به رقص می آیم. مطهری، اصول فلسفه و روش رئالیسم را سر كلاس های علامه نوشت. یك بار هم در سال 49، علامه و مطهری، شماره حساب مشتركی را برای كمك به آوارگان فلسطینی اعلام كردند كه باعث زندان افتادن مطهری شد.
همسایهی علامه بودند. علامه دوستش داشت. همیشه می گفت: سلام من را به آقای خمینی برسانید.
شهید محمد مفتح (1358 ـ 1307)
علامه او را به تدریس در دانشگاه تشویق می كرد و برای سخنرانی میان جوان ها می فرستاد.
امام موسی صدر (1307 ـ ؟؟13)
علامه خیلی احترامش می كرد. می گفت: استادزاده است. سال 42 به پیشنهاد علامه به واتیكان و الازهر رفت تا مگر برای آزادی امام خمینی، كاری بشود كرد.
وقتی كه لبنان بود، علامه مدام پیگیر اخبارش بود و بعد از ناپدید شدنش مدام برایش سفارش دعا به این و آن می كرد.
آیت الله ناصر مكارم شیرازی (1306 ـ )
مجلهی مكتب اسلام را به تشویق علامه راه انداخت و تفسیر نمونه را هم به توصیة استاد برای جوان ها نوشت. علامه ترجمهی المیزان به فارسی را هم به او سفارش داد.
خودش استاد حوزه بود كه با علامه آشنا شد. دوباره رفت و مثل یك طلبه نشست پای درس علامه. كتاب مهر تابان او شامل مكالماتش با علامه است و رسالهی لُبّ اللُباب هم تقریرات درس اخلاق علامه طباطبایی است.
علامه حسن حسن زاده آملی (1307 ـ )
شاگرد خاص و وصَّی علامه، وقت مرگ، سر استاد را بر زانو داشت. علامه طلاب جوان را برای درس اخلاق، نزد او می فرستاد.
علامه سیدجلال الدین آشتیانی (1384 ـ 1304)
علامه صدایش می زد آقا سیدجلال و همراه خودش به خانه اش می برد. می گفت: فلسفه را این آقا سیدجلال میفهمد.
آیت الله عبدالله جوادی آملی (1310ـ)
علامه درباره اش می گفت: این آقای جوادی، خیلی قوی است. خیلی مؤدب است.
از دیگر شاگردان علامه میتوان:
شیخ عباس ایزدی، سید عبدالكریم موسوی اردبیلی، عز الدین زنجانی، محمد تقی مصباح یزدی، ابراهیم امینی، یحیی انصاری، سید محمد باقر ابطحی، حسین نوری همدانی، سید مهدی روحانی، علی احمدی میانجی، احمد احمدی، دکتر غلامحسین ابراهیمی دینانی، دکتر سید یحیی یثربی را نام برد.