امام باقر علیه السلام در دوره ای امامت خویش را آغاز کرد که جامعه اسلامی در وضع فرهنگی نابه سامانی به سر می برد و عرصه فرهنگی جامعه گرفتار چالش های عمیق عقیدتی و درگیری های مختلف فقهی میان فرق اسلامی شده بود. فروکش کردن تنش های سیاسی پس از واقعه عاشورای سال 61 هجری، همچنین شکست برخی احزاب سیاسی مانند «عبداللّه بن زبیر» سبب یکپارچگی حاکمیت بنی امیه شده بود و ناگزیر، بسیاری از دانشمندان از صحنه سیاسی دور شده بودند و حرکت گسترده ای در زمینه های مختلف علمی با بحث و بررسی درباره مسایل گوناگون آغاز شده بود. این رویکرد گسترده به مسایل فقهی و بحث تبادل نظرهای علمی در این برهه و پیدایش مکتب ها و سبک های مختلف علمی پس از مدت ها رکود، رونق فراوانی به بازار علم بخشید و به واقع نقش درخشان امام در این دوره در روشن سازی افکار عمومی دانشمندان اسلامی و به ویژه خردورزان شیعه بسیار دارای اهمیت و برتری است. با ظهور امام باقرعلیه السلام، گام مهم و به سزایی در راستای تبیین آراء شیعه برداشته شد و جنبش تحسین برانگیزی در میان دانشمندان شیعی پدید آمد.
از سوی دیگر، خطر افکار آلوده یهود و سیطره نظریات فرقه مرجئه، جبریه، قدریه، غلات و... حیات فکری شیعه را با خطر روبه رو کرده بود که به راستی مرجعیت علمی شایسته ای چون امام باقرعلیه السلام، تفکرات خطرناک این فرقه ها را تا حد قابل توجهی منزوی ساخت که آراء و نظرات آنها و نیز موضع گیری امام در برابر هر یک، به گونه ای گسترده تر بررسی خواهد شد.